Un caso reciente planteado en un foro profesional del CGCyM reavivó un debate que atraviesa a todo el ecosistema cooperativo: ¿es razonable exigir que cada asociado de una cooperativa esté inscripto individualmente como MiPyME para que la entidad acceda al Certificado MiPyME? Analizamos la normativa, los cambios recientes y el impacto real en cooperativas con grandes nóminas.
¿Qué es el Certificado MiPyME?
El Certificado MiPyME es la constancia que emite la Secretaría de la Pequeña y Mediana Empresa en el marco del Registro de Empresas MiPyMEs. Permite acreditar la condición de micro, pequeña o mediana empresa y acceder a beneficios fiscales, financieros y programas de apoyo productivo.
Su regulación principal surge de la Resolución 220/2019 y modificatorias, en especial la Resolucion SEPYME N°88/2023, que establecen los nuevos requisitos de inscripción, mantenimiento y verificación.
Beneficios del Certificado MiPyME para cooperativas
• Acceso a líneas de crédito productivo con tasas subsidiadas en bancos públicos y programas estatales y acceso a subsidios o Aportes no Reintegrables.
• Alícuota diferencial de Contribuciones Patronales de Seguridad Social, al 18 % para MiPyME.
• Pago diferido del IVA (hasta 90 días), lo que mejora el flujo financiero de la entidad.
• Computar el impuesto al cheque como pago a cuenta de impuestos nacionales, en los casos que corresponda según su situación fiscal. Por ejemplo, contra Impuesto a las Ganancias y FONEDU se imputa al 100 % de corresponder y como dicte la normativa.
• Acceso a planes de facilidades de pago impositivos en ARCA con más cuotas y condiciones más favorables.
• Exclusión de retenciones y/o percepciones impositivas estando categorizada como Micro empresa y con la categoría A del SIPER aunque no hayas tenido saldo a favor
• Computo del Impuesto al cheque (débitos y créditos bancarios) de contribuciones patronales destino SIPA para empleados en relación de dependencia cuando la cooperativa tiene personal contratado.
• Exención del impuesto al “retiro ni depósito de efectivo” para micro y pequeña empresa, si la cooperativa retira o deposita efectivo por caja de cuentas bancarias no se cobra tasa vigente.
• Beneficios a MiPyMEs exportadoras e importadoras, incentivos fiscales para estas operaciones.
• Acceso a avales de SGR a MiPyMEs son garantías (avales) para acceder a créditos para ciertas actividades.
• Se prioriza a MiPyMEs para acceder a beneficios de Ley de Economía del Conocimiento.
El punto crítico: las formas asociativas
El conflicto se centra en el tratamiento de las ‘formas asociativas’, categoría en la que se incluyen las cooperativas. La normativa establece que, para hacer efectiva la extensión de beneficios, deben verificarse que cada asociado tenga su certificado pyme individual para que la Cooperativa pueda obtenerlo.
En la práctica seria que una cooperativa de servicios publicos de más 40.000 asociados les pida a asociados “usuarios” sin condición impositiva, por ejemplo, un empleado en relación de dependencia o un jubilado o un consumidor final, un certificado MiPyme individual al que nunca va a acceder porque no está obligado a tramitarlo por su condición tributaria.
Otro supuesto improbable (por no decir imposible) sería el caso de una cooperativa de trabajo con 240 asociados: si un solo integrante, por un problema personal ajeno a la entidad, no estuviera o no pudiera inscribirse y tramitar el certificado MiPyMe individual, en ese momento, el sistema podría no emitir el certificado en favor de la cooperativa perdiendo los beneficios.
Lo mismo podemos plantear para cooperativas de consumo y de vivienda con miles de asociados, ya que resulta imposible que cada uno de ellos posea el certificado en cuestión, por el mismo motivo que enumeramos en las cooperativas de servicios públicos.
Prórrogas y reconocimiento del problema (2023-2025)
Entre 2023 y 2025 se sucedieron distintas disposiciones que prorrogaron o flexibilizaron la exigencia para cooperativas, reconociendo que el requisito resultaba excesivamente complejo de implementar en entidades con grandes nóminas, pero sin avanzar en una reforma de fondo del régimen.
La modificación introducida por la Resolución SEPyME Nº 88/2023 —que reforzó los requisitos para las formas asociativas dentro del Registro MiPyME— nunca fue derogada, por lo que la problemática quedó latente. En la práctica, se fueron otorgando prórrogas para su aplicación, pero el requisito siguió vigente dentro de la normativa.
A partir del 1° de junio de 2025, mediante la Resolución SEPyME Nº 124/2025, se implementó un nuevo procedimiento que incorpora el Sistema Integrado de Nómina de Asociados y Autoridades del INAES como fuente de verificación para las cooperativas. Esto implicó modificar el mecanismo de control, estableciendo un sistema de validación automática mediante el cruce de bases de datos entre INAES, SEPyME y ARCA.
Si bien el objetivo declarado fue simplificar el procedimiento, en la práctica el nuevo esquema profundiza los controles y puede dificultar aún más la obtención del Certificado MiPyME para cooperativas con grandes nóminas de asociados, al exigir una mayor consistencia entre los registros institucionales y fiscales.
¿Qué cambió específicamente para las cooperativas?
El cambio más relevante no fue conceptual sino operativo: la verificación ahora se realiza a partir de la nómina oficial presentada ante el INAES. Si la nómina no está presentada en tiempo y forma o si existen inconsistencias con datos fiscales, el certificado puede no emitirse.
En consecuencia, el foco se desplazó hacia la actualización permanente de registros y la coherencia entre los datos institucionales y fiscales: más tareas administrativas para las entidades, persistiendo la misma problemática.
Impacto real en cooperativas de trabajo y servicios publicos
En cooperativas con numerosos asociados, la exigencia genera desafíos administrativos significativos: coordinación individual de trámites, regularización fiscal, acompañamiento contable y tiempos de gestión que muchas veces las entidades no pueden afrontar en forma inmediata.
En algunos casos, la única alternativa termina siendo modificar condiciones operativas con sus propios asociados, algo que no siempre resulta adecuado desde el punto de vista cooperativo. Esto puede poner en riesgo el acceso o la renovación de beneficios estratégicos vinculados al Certificado MiPyME.
La situación reabre el debate sobre si un instrumento pensado para promover a las MiPyMEs debe aplicarse con la misma lógica que a empresas tradicionales a estructuras cooperativas, cuya naturaleza jurídica y organizacional es distinta.
Qué revisar si el certificado no se emite
• Nómina de asociados y autoridades actualizada y presentada correctamente ante INAES, conforme al Sistema Integrado de Nómina establecido por la Resolución INAES N° 756/2025.
• Situación fiscal de los asociados, verificando su inscripción y mantenimiento en monotributo o régimen general, especialmente cuando se encuentran vinculados a la cooperativa (en especial cooperativas de trabajo) según los registros previstos en la RG ARCA (ex AFIP) N.º 4991/2021.
• Control periódico de la vigencia y vencimiento del Certificado MiPyME tanto de la cooperativa como, en su caso, de los asociados que estén registrados en el sistema.
• Asesoramiento técnico-contable preventivo, que permita anticipar inconsistencias entre los registros de INAES, SEPyME y ARCA.
Para abrir el debate
¿Estamos ante un mecanismo que fortalece la transparencia o frente a una barrera burocrática que termina excluyendo a cooperativas del acceso a beneficios productivos?
En este contexto, surge otra pregunta relevante: ¿qué estado parlamentario tiene el proyecto de modificación de la Ley 24.467 (Ley MiPyME) que fue planteado y debatido en las Comisiones de Pequeñas y Medianas Empresas y de Asuntos Cooperativos, Mutuales y Organizaciones No Gubernamentales de la Cámara de Diputados, en una reunión realizada el 13 de noviembre del 2025, en la que participaron representantes de todo el sector cooperativo?
El tema sigue abierto y requiere una discusión profunda dentro del movimiento cooperativo, tanto en el plano técnico como en el legislativo.
